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新学期开始，美墨渚和雪城穗乃香成为菲诺奈学院女子中学部三年级学生，过着普通女孩的校园生活。 而梅普鲁、米普鲁和保伦在上次战斗后陷入了漫长的沉睡。 此时，在光之园，在激战后受了伤的女王分裂成数个部分，消失在远处。与此同时，渚和穗乃香遭到了萨凯那的袭击。 突然，梅普鲁和米普鲁苏醒过来，两人使用新的变身器再一次变身成为“光之美少女”，不仅衣服改变了，而且力量居然也提升了！？ 为了让失去了记忆和原本姿态的女王恢复原样，渚和穗乃香以及苏醒后力量得到提升的梅普鲁、米普鲁和保伦，将与不可思议的少女・九条光一起展开新的故事。 光之美少女们能够让女王恢复原来的样子吗？。腓特烈一世（绰号“巴巴罗萨”）继任德意志国王后，为了征服意大利，在位期间多次入侵北意大利，干涉教廷内政。 意大利米兰的贵族后裔阿尔贝托·朱萨诺为了意大利的自由，与北部诸城市贵族联合教皇组成了伦巴第联盟，以对抗德意志。伦巴第联盟战争爆发，本片描述了十二世纪这一历史时期发生的故事...。