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高中毕业后，瑞科在女友卡门的鼓励下，不顾父亲的反对，加入了机械化步兵学院；而卡门则选择了海军学院。两人开始接受训练不久后，地球突然遭到来自外星昆虫的袭击。在这场袭击中，瑞科的亲人们不幸遇难。随后，卡门将记录这场灾难的影像资料发送给了瑞科。悲痛与愤怒交织的瑞科带领他的部队投身于抵抗外星昆虫的战斗之中。然而，军队严重低估了这些外星生物的力量。在战场上，瑞科目睹了令人震惊的大屠杀。正是在这个过程中，他意外发现了这些昆虫变得异常聪明和强大的原因。基于这一发现，瑞科意识到只有开发出更为先进的武器，才有可能战胜这些昆虫。于是，一场针对外星威胁的人类反击战拉开了帷幕。。衝撃的なラストシーンで幕を閉じた第１期から6年後、 選別者にとって狭き門である20階に居たのは、 何度脱落しても「塔の王になる」と挑戦を続ける男・王野成おうじ なる。 莫大な受験料のために借金を抱える王野は、 最後のチャンスとして再び試験に挑戦し、 そこで圧倒的な強さを持つ謎めいた長髪の男・ビオレと出会うが、 ビオレは塔の支配者であるザハードに対抗する犯罪組織 「ＦＵＧ」のスレイヤー候補であった。。高中私立翠明学园二年级学生的西条拓巳，自称对三次元没有兴趣，和家里的大量美少女人偶一起生活。在他所住的涩谷在2008年9月7日以来发生了连续猎奇杀人事件“新世代的疯狂（ニュージェネレーションの狂気）”，成为了网络和电视上的热门话题。2008年9月28日深夜，拓巳在聊天室遇到了一个自称“将军”的人。“将军”发言中的URL链接到像是预言下一个猎奇事件的恐怖图像。第二天，拓巳遇到了和图像中的手法一样的杀人现场。在尸体前站着浑身是血的少女，咲畑梨深。。