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2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 　　另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 　　2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 　　2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。二十世纪70年代，旧金山出现了一个自称“十二宫”的杀人狂，杀人后，向媒体寄一封信，留下密码、线索，向警方挑衅，多次的阴差阳错使案件陷入僵局，警方渐渐束手无策。连环杀人案件也引起了《旧金山纪事报》的记者罗伯特和保罗的注意，他们在警察大卫的帮助下，开始调查这一系列的连环凶杀案件，在和“十二宫”杀手斗智斗勇的同时，他们个人的生活也面临了极大的挑战。。生活在诹访原市的极其普通的学生藤井莲，和亲友游佐司狼互殴决斗后，绝交。 其后仍然与青梅竹马绫濑香纯和学姐冰室玲爱一起过着学园生活。 但他所居住的诹访原市开始出现无差别断头杀人事件。 并且奇怪的是，莲这时开始做起自己在断头台上被斩首的噩梦。而这对他来说，只是充满恐惧和痛苦的战争的前兆。 日常生活被颠覆。暗处超常人群在暗暗行动。城市成为战场，超乎寻常的事情向莲袭来。面对不战斗就无法生存的现实，他是否能夺回自己平凡的生活呢？。