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陈惠家境贫寒，靠着乡亲们资助，去国外深造。十年后，陈惠学会一身本领，欲回乡祭祖后报效华夏，却被乡亲们污蔑是华夏叛徒，最终在张老的认证下，陈惠证明了自己的功勋身份，赢得了全华夏的尊重。。当第三季开始时，故事时间已经过去三年整，Noah一直在监狱里代替前妻Helen服刑。Helen试图让女儿Whitney相信Noah并非真的有罪，但Whitney根本不听。Noah三年刑满后获得自由，但他很快发现过去的阴影仍然存在，他的精神状态变得非常黑暗，重获新生谈何容易。与此同时，Alison一直无法忘记失去第一个孩子的痛苦，而且女儿Joanie的抚养权官司也一直没有定论。虽然Joanie是Cole的亲生骨肉，但Cole已经决定抛开往事，与Luisa组成新的家庭。Helen现在的事业很成功，但在荣誉光环之下，她其实比谁都糟糕。在家中，她和男友Vic的关系很不确定，和孩子们的关系很不稳定，而且她始终有强烈的负罪感。。掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介 饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。 在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？。